北海市不动产中心依据《北海市机构编制委员会关于北海市不动产登记机构调整设置有关问题的通知》（北编〔2015〕71号）文件，于2015年11月19日经北海市机构编制委员会批准成立，为北海市自然资源局下属相当正科级财政全额拨款事业单位。
北海市不动产登记中心的主要职责为：受市不动产登记主管部门委托，承担市及辖区土地登记、房屋登记、林地登记、海域登记等法律法规需要登记的不动产权利登记工作；承担所有权、使用权、经营权、用益物权、担保物权的首次登记、变更登记、转移登记、注销登记、更正登记、异议登记、预告登记、查封登记等工作；对申请权属清晰的不动产进行登记，核发全国统一的不动产登记证书；负责市不动产登记信息平台建设，以及不动产登记统计、分析，依法提供不动产登记查询服务；负责市不动产登记数据资料的整理、保管和备份，以及不动产登记档案的收集、整理、归档工作；完成上级交办的其他工作。